Отдел ветеринарно-санитарной экспертизы был организован в 2003 году и осуществляет ветеринарно-санитарную экспертизу мяса всех видов убойных животных, птицы, пернатой дичи, яйца, колбасных изделий, копчёностей, молока, молочных продуктов, даров природы. Проводит испытание пищевой продукции, продовольственного сырья на показатели безопасности, т.е. участвует в сертификации как аккредитованный испытательный центр. Занимается исследованием пищевых продуктов и сырья растительного и животного происхождения на микробиологические показатели безопасности согласно санитарных правил и норм и соответствия нормативным догументам (ГОСТ, ТУ и пр.), т.е. качество и натуральность.

Отдел укомплектован высококвалифицированными кадрами, прошедшими обучение в центральных научно-методических центрах страны.

Для своей работы отдел оснащён всем необходимым оборудованием и материалами. Имеются приборы, позволяющие проводить экспресс-определения (прибор для анализа содержания остаточных количеств антибиотиков в молоке; прибор для проверки качества и натуральности молока; влагомер, позволяющий в течение 30 минут определить влажность любого продукта).

Отдел оказывает консультативную и практическую помощь районным ветеринарным лабораториям, лабораториям ветсанэкспертизы рынков, специалистам фермерских хозяйств.