В 1948 году лаборатория стала именоваться Горно-Алтайской (до этого Ойротская) и подчиняться Управлению сельского хозяйства Горно-Алтайского облисполкома (Указ Президиума ВС РСФСР о переименовании области от 07.01.48.).

В мае 1953 года управление сельского хозяйства переименовано в Управление сельского хозяйства и заготовок, преобразованное в декабре 1953 года в колхозно-совхозное управление Горно-Алтайского облисполкома.

Решением Горно-Алтайского облисполкома № 138 от 06.04.62. образовано управление производства и заготовок сельскохозяйственных продуктов Горно-Алтайского облисполкома.

На основании решения Горно-Алтайского облисполкома № 106 от 30.06.65. областное управление производства и заготовок переименовано в управление сельского хозяйства облисполкома. В 1975 году вновь переименовано в производственное управление сельского хозяйства облисполкома.

На основании решения Горно-Алтайского облисполкома от  13.12.85 упразднено производственное управление сельского хозяйства и образован агропромышленный комитет Горно-Алтайского облисполкома. 22.12.87 комитет ликвидирован (Постановление ЦК КПСС и Совета Министерства СССР № 1457) 08.07.38   г.   образован   агропромышленный   комбинат   «Горный Алтай» (постановление Совета Министров РСФСР № 219 от 22.06.88.)

В соответствии с постановлением Правительства РФ № 81 от 28.12.91. «О реформирование системы государственного управления агропромышленным комплексом РФ» и решением пятой сессии Верховного Совета РА от 16 декабря 1992 года, в целях создания системы государственного управления агропромышленным комплексом РА, соответствующей задачам его функционирования в условия осуществления аграрной реформы, постановлением Правительства РА от 05.02.93. № 40 создан комитет сельского хозяйства и продовольствия Правительства РА с передачей ему всех функцией государственного управления от агропромышленного комбината «Горный Алтай». В перечень бюджетных и других организаций при комитете сельского хозяйства РА, выполняющих функции государственного управления и контроля внесена республиканская ветеринарная лаборатория.

Постановлением Госсобрания-Эл курултай РД №20-14 от 09.04.97 комитет сельского хозяйства и продовольствия правительства РА реорганизован в Министерство сельского хозяйства и продовольствия РА.

23.02.99. Председателем Правительства РА утвержден Устав республиканской государственной ветеринарной лаборатории РА. Учредителем лаборатории является Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации. Лаборатория является диагностическим учреждением государственной ветеринарной службы РФ и органом Государственного ветеринарного надзора на территории Республики Алтай.

Республиканская ветеринарная лаборатория находится в ведении Минсельхозпрода РА.

Постановлением Правительства РА от 13.05.99. №141 «О реформировании ветеринарной службы РА» на основании Закона РФ «О ветеринарии» и в целях создания единой системы Государственной службы РА Департамент ветеринарии Министерства сельского хозяйства и продовольствия РА реорганизовано в, Управление ветеринарии с Госветинспекцией Правительства Республики Алтай. Управление является правопреемником Департамента ветеринарии Минсельхозпрода РА. *

На основании приказа начальника Управления ветеринарии РА от 03.06.99. № 67, в целях исполнения постановления Правительства РА № 141 от 13.05.99. «О реформировании ветеринарной службы РА» и приказа № 63 от 24.05.99. Управления ветеринарии РА приведена в соответствие централизованная бухгалтерия в связи с переводом Государственной семенной инспекции в Минсельхозпрод    РА,    открытии    счетов    в    Управлении    ветеринарии, Республиканской ветеринарной лаборатории, наличия собственных расчетного специального счетов, переданы при этом по одной штатной единице бухгалтера. Директором Республиканской ветеринарной лаборатории Вязниковой Светланой Лазаревной проведены организационные мероприятия по созданию рабочего места бухгалтера.

На основании приказа № 73, от 01.07.99 г. Управления ветеринарии Правительства Республики Алтай с приобретением статуса, в соответствии гражданским кодексом РФ, постановлением Правительства РА от 13.05.99. № 141 оформлено государственное учреждение «Республиканская ветеринарная лаборатория Республики Алтай» (Учреждение). Устав учреждения утвержден Управлением ветеринарии с Госветинспекцией Правительства РА 27.07.99.

Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 19.03.2003 г., № 450, О федеральном государственном учреждении «Республиканская ветеринарная лаборатория Республики Алтай» в целях приведения учредительных документов предприятий и учреждений, отнесенных к федеральной собственности и находящихся в ведении Минсельхоза России, в соответствии с нормами действующего законодательства Российской Федерации Государственное учреждение «Республиканская ветеринарная лаборатория Республики Алтай» приобретает статус Федерального государственного учреждения и переименовано в федеральное государственное учреждение «Республиканская ветеринарная лаборатория Республики Алтай» (ФГУ «Республиканская ветеринарная лаборатория РА»).

18.04.2003. Устав федерального государственного учреждения «Республиканская ветеринарная лаборатория Республики Алтай» Утвержден Первым заместителем Министра сельского хозяйства Российской Федерации С.А. Данкверт.